Presidenti Rugova ka vdekur më 21 janar të vitit 2006, i cili u varros me nderime të larta shtetërore dhe ushtarake. Vdekjen e tij e raportuan edhe mediat ndërkombëtare duke treguar veprat e tij kudrejtë Kosovës.
New York Times, ishte një nga mediat e cila tregoi për vdekjen e Presidentit Rugova dhe informoi për paraqitjen akademike të Presidentit.
Vdekja e tij erdhi si shkak i kancerit në mushkëri, u shkrua në një deklaratë e lëshuar nga Presidenca ditën e Shtunë.
Z. Rugova përfshiu shpresat e gati dy milion shqiptarëve të Kosovës në përpjekjen e tyre për pavarësi nga Serbia. Paraqitja e tij akademike dhe pacifizmi i vendosur përballë një represioni të rëndë dhe abuzimeve të të drejtave të njeriut nga forcat serbe të sigurisë në rajon e bëri atë një figurë legjendare midis pasuesve të tij.
Në vitin 1989, Z. Rugova, asokohe Presidenti i Klubit të Shkrimtarëve të Kosovës, u zgjodh në një takim joformal për të qenë drejtuesi i Lidhjes Demokratike të Kosovës të krijuar rishtazi. Ai ishte ndër të parët shqiptarë të Kosovës që foli, duke kërkuar demokraci dhe vetëvendosje për krahinën, tha Blerim Shala. Deri atëherë, nacionalizmi shqiptar në Kosovë kishte qenë Marksist dhe ishte përqendruar në bashkimin me Shqipërinë. "Ai ishte baba i kombit", tha zoti Shala.
I njohur menjëherë, nga shamitë që kishte veshur, syzet e tij dhe shpesh një buzëqeshje e ndrojtur, ai u përfshi në politikë. Vendoshmëria e tij e guximshme për të kërkuar pavarësi, por pa përdorimin e forcës, i fitoi atij respekt ndërkombëtar.
Pasi shqiptarët etnikë u pushuan nga institucionet e Kosovës në 1991, Lidhja Demokratike krijoi një shtet paralel, duke siguruar arsim dhe shërbime shëndetësore për shqiptarët, të financuar kryesisht nga donacione nga diaspora shqiptare në Evropë dhe Shtetet e Bashkuara.
Forca kryengritëse e quajtur Ushtria erationlirimtare e Kosovës u shfaq në 1997, duke çuar forcat serbe të sigurisë të hakmerreshin ndaj civilëve etnikë shqiptarë dhe më në fund duke bërë që NATO të ndërhynte në mars të vitit 1999. Një fushatë bombe dy-gjysmë muajsh i detyroi serbët të tërhiqen trupat e tyre dhe të lënë administratën e punëve në Kosovë tek Kombet e Bashkuara.
Me zgjedhjet në fund të vitit 2000, ai kishte dalë edhe një herë si një simbol i stabilitetit pasi partia e tij fitoi më shumë se 53 përqind të votave në zgjedhjet lokale, shumë përpara partive politike të formuara nga ish-drejtuesit e Ushtrisë erationlirimtare të Kosovës . Në 2002 ai u emërua president, dhe partia e tij kryesoi në zgjedhjet parlamentare.
