Muzeu i Butrintit ndodhet brenda kalasë së Akropolit të qytetit antik të Butrintit. Muzeu u hap në vitin 1960, me objektet arkeologjike të zbuluara nga Misioni Arkeologjik Italian.
Gërmimet e bëra gjatë viteve 1960-1980, nga arkeologët shqiptarë, zgjeruan koleksionin e objekteve të ekspozuara si dhe njohuritë mbi Butrintin.
Në verën e vitit 2005, muzeu u rinovua dhe u pasurua me gjetjet arkeologjike të zbuluara nga gërmimet e projektit të përbashkët të Institutit të Arkeologjisë dhe Fondacionit Butrinti që nga viti 1994.
Në të janë të ekspozuara 1323 objekte, të cilat janë të ndara sipas rendit kronologjik, duke nisur që nga prehistoria deri në periudhën veneciane.
