Më 23 nëntor të vitit 2000 u vra Xhemail Mustafa. Vrasja e Xhemajl Mustafës është nga më tronditëset, sepse, ishte bashkëpunëtori me i afërt i Presidentit Historik Ibrahim Rugova dhe zëdhënësi më besnik i idealeve rugoviane, prandaj, vrasja e Xhemës ka qenë e dyfishtë, sepse ia ka dobësuar krahun personalisht Presidentit Rugova.
Njeriu i dijës, i cili ishte edhe gazetar, politikan, publicist, shkrimtar dhe këshilltar politik i Presidentit Historik të Kosovës, Dr. Ibrahim Rugova.
U vra mizorisht në hyrje të apartamentit të tij ku u qëllua për vdekje nga dy sulmues të cilët kurrë nuk u arrestuan. Vrasja e tij tronditi Kosovën e pas luftës dhe skenën politike të pas luftës në Kosovë, sigurisht se vrasja e tij mbetet një nga çështjet e pa zgjidhura dhe misterioze në vrasjet e pas luftës në Kosovë.
Ditën e varrimit para mijëra të pranishmëve, zyrtarë të lartë të Kosovës, parlamentit dhe të partisë por edhe të UNMIK-ut lexuan telegrame dhe jetëshkrime mbi veprimtarinë e bujshme politike të tij.
Ata u zotuan se nuk do të shkon larg dita kur para drejtësisë do të gjenden ata që ngrehën gishtin e krimit dhe e bënë këtë vrasje mizore. Mirëpo, me sa u pa, që nga ajo kohë e gjer më sot premtimet mbetën boshe dhe dhimbja për Xhemën i mbeti Familjes dhe farefisit.
Ishte koha e qeverisë së Hashim Thaçit, gjatë së cilës janë vrarë 456 persona. Në 20 vjetorin e vdekjes së tij, akoma nuk është zbuluar se kush qëndron pas vrasjes së tij.
Aktualisht në Hagë janë të arrestuar disa nga njerëz e luftës, mes tyre edhe kreu i ShIK-ut, nga gjykimi i të cilit mund të ketë informacione të reja rreth vrasjes së njeriut më të afër të dr. Rugovës.
Me vrasjen e Xhemës, presidentit Rugova iu është thyer njëri krah, krahu i djathtë i tij. Natyrisht se Xhemajl Mustafa mbetet njëri nder intelektualët më të mëdhenj që ka pasur Kosova, burrë i ditur dhe i urtë.
Me shpresën që ky të jetë përvjetori i fundit pa identifikimin dhe arrestimin e vrasësve, urdhërdhënësve të Xhemajl Mustafës.