Periudha më e vështirë e futbollit ka qenë nga viti 1991-99, kur skuadra tona zhvilluan ndeshjet kampionale jashtë stadiumeve, për shkak se ato i uzurpoi okupatori serb. Skuadrat tona luajtën në fusha të improvizuara dhe vazhdimisht të përndjekur nga regjimi kriminal serb.
Kampionët e Ligës së Kosovës në këtë periudhë kanë qenë:
1991-92 Prishtina
1992-93 Trepça
1993-94 Dukagjini (Klinë)
1994-95 Liria
1995-96 Prishtina
1996-97 Prishtina
1997-98 Kampionati, për shkak të luftës, ndërpritet pas përfundimit të stinorit vjeshtor
1998-99 Për shkak të luftës, kampionati nuk u zhvillua fare.
