Prej vitesh, një nga problemet më shqetësuese në Shkodër mbetet ndotja e mjedisit. Në shumë pjesë të qytetit, madje edhe në pikat turistike dhe zonat e mbrojtura, mbetjet urbane janë shndërruar në një rrezik serioz.
Liqeni i Shkodrës dhe lumi Buna vijojnë të jenë të lëna në harresë nga pushteti lokal. Mbeturinat dhe ujërat e zeza që depozitohen në to, kanë dëmtuar rëndë florën e faunën, dhe shqetësuese sot është zhdukja e disa llojeve ta peshqve.
Këtë panoramë kanë edhe brigjet e lumit Kir në afërsi të Kuçit. Hedhja e mbeturinave por edhe inerteve nuk ka të ndalur, ndërsa përballë këtij realiteti të krijuar Bashkia Shkodër ka zgjedhur të mos veprojë. I zhvilluar prej vitesh, problemi i hedhjes së mbetjeve ka marrë të tjera përmasa vitet e fundit, duke bërë që sipërfaqja e ndotur të zgjerohet edhe me tej e madje te ndikoje edhe ne ndryshimin e shtratit te lumit Kir.
Me ligjin e administrimit të mbetjeve urbane, kryetaret e Bashkive janë përgjegjës për menaxhimin e mbeturinave në njësite administrative që drejtojnë. Inspektorati i Mjedisit, ka gjobitur disa herë Bashkinë e Shkodrës për shkak të keqmenaxhimit të situatës mjedisore por serish gjendja vijon të jetë problematike.
